Wyniki dla: wykrywanie COVID

Mamy pandemię zakażeń wirusem SARS-CoV-2 powodującego chorobę COVID-19. Powszechnie wykorzystywanym badaniem, wspomagającym wykrywanie obecności tego czynnika zakaźnego, jest test molekularny oparty o metodę RT-PCR. Niestety, wyniki tego testu wcale nierzadko są fałszywie ujemne lub dodatnie i – również nierzadko – nijak mają się do występowania lub nasilenia objawów choroby. Konsekwencje tego mogą być dla badanych bardzo poważne, a w najgorszym ze scenariuszy mogą doprowadzić nawet do utraty życia – co zresztą już się dzieje. Skąd fałszywie dodatnie wyniki testu metodą RT-PCR i jaki związek może mieć z tym pobranie wymazu z jamy ustnej?

Tekst opiera się na EBM (Evidence-based medicine) – medycynie popartej dowodami naukowymi.

RT-PCR – na czym polega test molekularny tą metodą?

PCR to metoda laboratoryjna, pomagająca w wykryciu obecności wirusa SARS-CoV-2, a nie narzędzie do bezpośredniego diagnozowania choroby COVID-19.

Metodę określaną jako PCR opracowano do powielania materiału genetycznego w postaci DNA – po to, aby z maleńkiej próbki biologicznej uzyskać dużą liczbę kopii materiału do badań. Mając więcej kopii badanego DNA naukowiec nie musi się martwić, że jeśli coś podczas badań pójdzie nie tak (np. próbka ulegnie zniszczeniu), straci on możliwość powtórzenia badania – na przykład w razie uzyskania niepewnych wyników. Jest to szczególnie ważne, kiedy do badania mamy tylko jedną jedyną cząsteczkę DNA. Postęp w dziedzinie biotechnologii spowodował, że metodę tę z powodzeniem zaczęto wykorzystywać jako wspomagającą wykrywanie obecności określonych fragmentów DNA.

Skrót PCR pochodzi od angielskiej nazwy Polymerase Chain Reaction, co w tłumaczeniu na język polski znaczy reakcja łańcuchowa polimerazy. Polimeraza jest naturalnie występującym w komórkach enzymem, który odpowiedzialny jest za replikowanie (czyli powielanie) materiału genetycznego. Polimeraz jest wiele, ale do testu metodą PCR wykorzystuje się polimerazę DNA, ponieważ – jak wspomniano wyżej – metoda ta została opracowana do powielania łańcuchów DNA. Technika samego powielania polega na tym, że najpierw DNA, które w komórkach występuje w postaci dwuniciowej, poddawane jest denaturacji w wysokiej temperaturze (ponad 90 stopni Celsjusza). Dzięki temu uzyskuje się dwie pojedyncze, komplementarne względem siebie (odpowiadające sobie) nici DNA. Każda z tych nici może być powielona – każda jest więc matrycą (wzorcem) dla łańcucha, który powstanie na jej bazie. Następnie do każdego pojedynczego łańcucha DNA przyłączany jest tzw. starter, czyli krótki fragment DNA komplementarny do odpowiadającego mu fragmentu DNA matrycowego. Przyłączenie starterów odbywa się w dużo niższej temperaturze, bo między 45-65 stopni Celsjusza. Następnie polimeraza DNA dobudowuje do startera resztę nukleotydów w powielanym DNA (proces ten, zwany elongacją czyli wydłużaniem, przeprowadzany jest w temperaturze niższej niż denaturacja, ale wyższej od tej, w której przyłączane były startery). W rezultacie PCR powstaje DNA złożone z dwóch komplementarnych nici, z których jedna jest dawną nicią matrycową. Opisany cykl można powtarzać wielokrotnie, uzyskując dzięki temu w krótkim czasie bardzo dużą liczbę identycznych nici DNA. Więcej